Docking rigido ATPase

Docking rigido

Il target scelto è la porzione F(1)-ATPase mitocondriale del bovino, il pdb 2JIZ è dell’enzima inibito dal resveratrolo.

Link al paper: Mechanism of inhibition of bovine F1-ATPase by resveratrol and related polyphenols.

I ligandi sono:

5 azo attivi (A1-A2-A3-A4-A5)

2 azo non attivi (B10-B11)

2 noti inibitori dell’ATPase (RES=resveratrolo, PIT= piceatannolo).

Il file yob di ogni molecola è stato salvato con questo nome: F1-2jiz_ligand.yob

La macro usata è: dock_run_Lucia_ATPSynt.mcr

Risultati

Binding energy[kcal/mol]

Ligandi

A1

A2

A3

A4

A5

B10

B11

PIT

RES

Valore di Binding dei primi 3 cluster 8,907 9,463 9,104 9,030 9,627 8,803 9,827 9,266 9,128
8,814 9,450 9,093 8,670 9,504 8,672 9,550 9,242 9,027
8,677 9,449 9,082 8,557 9,400 8,464 8,616 8,571 8,211
Media 8,799 9,454 9,093 8,752 9,510 8,646 9,331 9,026 8,789

Correlazione Binding energy/MIC50

C. albicans S. aureus Binding
A1 15 17 9,51 =(8,799-8,4)/0,084*2
A2 12 15 25,10 =(9,454-8,4)/0,084*2
A3 3,5 7 16,50 =(9,093-8,4)/0,084*2
A4 5 10 8,39 =(8,752-8,4)/0,084*2
A5 3 7 26,44 =(9,510-8,4)/0,084*2
B10 30 30 5,87 =(8,646-8,4)/0,084*2
B11 30 30 22,17 =(9,331-8,4)/0,084*2
PIT 14,91 =(9,026-8,4)/0,084*2
RES 9,25 =(8,789-8,4)/0,084*2