Costruzione di membrane lipidiche

Intro.

Erano necessarie dei modelli molecolari di membrana in modo da poter effettuare test di binding di varie molecole e proteine;ho proceduto selezionando 14 tipi di membrane a diversa composizione:

  1. POPC
  2. POPE/POPC 50:50
  3. DMPC
  4. DOPC
  5. SM/CHOL 50:50
  6. SM/CHOL 60:40
  7. SM/CHOL 70:30
  8. SM/CHOL 80:20
  9. POhPC
  10. POhPE
  11. SMh/CHOL 50:50
  12. SMh/CHOL 60:40
  13. SMh/CHOL 70:30
  14. SMh/CHOL 80:20

Procedimento.Dopo aver scaricato i file .yob necessari e averli caricati sul programma sono andata a realizzare le varie membrane elencate, di dimensioni 100x100 Å, tramite il software CELLmicrocosmos MembraneEditor2 (http://89.46.69.105:9091/index.php/creazione-di-membrane-semplici-e-con-raft-lipidici-grazie-a-cell2microcosmos/) salvando i rispettivi file .pdb nella cartella C://MembraneEditor/Membrane_Files/Definitive.

In particolare per quanto riguarda le membrane costituite da POPE-POPC sono andata a realizzarne 3 differenti tipi in quanto ho usato sia lo .yob scaricato dal database sia uno modificato da me che ho chiamato POPE_Simona;sono state quindi sviluppate membrane con composizione:

  • POPE-POPC 50:50
  • POPE_Simona-POPC 50:50
  • POPE-POPE_Simona-POPC 25:25:50

Discorso analogo per le membrane contenenti POhPE.

In seguito ho caricato singolarmente i file su Yasara andando a definire un cella di simulazione di 0 Å intorno agli atomi;fatto ciò ho calcolato le dimensioni esatte della cella in Å (>Cell) ,il numero di residui dei singoli componenti (>CountRes) e,ove possibile,l'area occupata dai singoli lipidi.I risultati sono elencati nella tabella sottostante (Tab.1)

Tab.1

Membrane

Cell (100x100 Å)

Numero residui

Note (A=area)

POPC

97.75x63.00x97.27 Å

237

A= 51,40 Å2

POPE/POPC 50:50

97.08x62.75x97.54 Å

POC (111) POPE (110)

POPE_Simona-POPC 50:50

97.10x72.95x97.08 Å

POC (123) POPE_S (123)

POPE-POPE_Simona-POPC 25:25:50

95.97x72.96x97.45 Å

POC (113) POPE (113)

DMPC

97.90x63.07x97.85 Å

232

A=53,22 Å2

DOPC

97.30x68.46x96.69 Å

229

A=58,17 Å2

SM/CHOL 50:50

97.83x54.73x97.00 Å

BSM (135) CHL (137)

SM/CHOL 60:40

96.53x54.89x97.43 Å

BSM (146) CHL (99)

SM/CHOL 70:30

98.46x54.91x96.55 Å

BSM (164) CHL (72)

SM/CHOL 80:20

97.14x54.85x97.35 Å

BSM (175) CHL (44)

POhPC

97.50x62.86x97.22 Å

224

A=54,72 Å2

POhPE

97.85x51.70x97.09 Å

190

A=53,25 Å2

POhPE_Simona

97.37x72.96x97.59 Å

237

A=59,95 Å2

SMh/CHOL 50:50

97.68x62.58x97.60 Å

SMH (122) CHL (124)

SMh/CHOL 60:40

97.79x62.65x97.62 Å

SMH (136) CHL (91)

SMh/CHOL 70:30

97.95x62.68x97.89 Å

SMH (148) CHL (64)

SMh/CHOL 80:20

97.20x62.64x97.92 Å

SMH (159) CHL (41)

Le membrane dovranno essere ulteriormente compattate e modificate in modo da diventare modelli ideali per ulteriori esperimenti.