Report inizio progetto APP

Dopo un'iniziale fase di studio riguardante l'argomento, sono passato alla preparazione delle simulazioni.

Tutta la prima parte è stata svolta utilizzando la suite di Schrodinger, Maestro sul pc Metrocubo.

Il primissimo step è stato la scelta del peptide su cui effettuare i test, ovvero il dimero 2LZ3, presente su Protein Data Bank, della porzione transmembrana di APP. Questo è stato scaricato e preprocessato come di consueto: è stato effettuato un cleaning ed un refinement della struttura.

 

 

Il seguito il dimero 2LZ3 è stato immerso nelle membrane di POPC, POPC-PDHAPC 50-50 e POPC-POHDHAPC 50-50. La prima membrana è stata generata direttamente con MAESTRO mentre le altre due tramite i protocolli discussi nei report precedenti, con i programmi Cell2Microcosmos e Yasara.

 

Una volta pronte le membrane contenenti il dimero 2LZ3 preprocessato si è potuto passare alle simulazioni vere e proprie, da 100ns.

N.B per evitare di scrivere uno sterile elenco di informazioni, riguardante i comandi utilizzati per le simulazioni, ho preferito riportare gli screenshot delle finestre del programma, in modo che in futuro sia anche più semplice l'inserimento e il confronto dei valori.

 

Ora il passo successivo sarà effettuare tutte le analisi del caso e passare ad una metadinamica ma di questo parlerò nei prossimi report.

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