Report sulle simulazioni di ALY e ALY-AZO

ALY è il peptide antimicrobico su cui era incentrata la tesi di dottorato di Lucia. Io ho effettuato delle simulazioni tramite Desmond, su Metrocubo, in cui ricreavo le condizioni in cui il peptide è stato testato a Zurigo.

Il primo passo è stato la costruzione del peptide e dell'omologo avente funzione azobenzenica, poi ho effettuato un clean e un rilassamento.

Poi sono passato alle simulazioni da 20ns di:

  1. ALY in acqua
  2. ALY in acqua e membrana POPC
  3. ALY in acqua e membrana POPC-POPG 90-10
  4. ALY-AZO in acqua
  5. ALY-AZO in acqua e membrana POPC
  6. ALY-AZO in acqua e membrana POPC-POPG 90-10

N.B. Le impostazioni utilizzate nelle dinamiche sono le stesse utilizzate nel report riguardante l'APP.

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